机构设置

南京市疾控中心（南京市卫生监督所）

职能科室

党政办公室（新闻宣传办）人事科财务科科教信息科物资设备保障科总务与安全生产科纪律监督与信访室离退休办公室工会

公共卫生科室

应急办（质量管理科）急性传染病防制科（监测预警科）慢性传染病防制科艾滋病性病防制科血地寄防制科免疫规划科健康教育科食品卫生与儿少健康促进科环境健康促进科消毒与病媒生物防制科基层卫生健康指导科职业健康与放射卫生科慢性非传染病防制科微生物检验科理化检验科

监督执法科室

法制稽查科信用和标准科公共场所与爱国卫生监督科生活饮用水监督科学校卫生监督科传染病防治监督科医疗服务监督一科医疗服务监督二科医疗服务监督三科医疗服务监督四科