南京市疾病预防控制中心（南京市卫生监督所）为南京市卫生健康委员会（南京市疾病预防控制局、南京市中医药管理局）所属全额拨款事业单位。2020年挂牌南京医科大学附属南京疾病预防控制中心，2023年挂牌南京医科大学南京公共卫生研究院，2025年获批江苏省区域公共卫生中心建设单位。

主要职责包括：承担全市传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制工作；开展突发公共卫生事件应急处置、公共卫生健康危害因素监测与干预、疾病病原微生物和理化因子检测、公共卫生和医疗卫生监督执法、健康教